Махер Тахан были арестован Разведкой ВВС вместе с Абд аль-Азиз аль-Хайиром, главой отдела международных отношений в Национальном координационном органе за демократические перемены (НКОД), на пропускном пункте после того, как вернулся в Дамаск из официальной поездки в Китай в составе делегации НКОД. Неофициальные источники утверждают, что его увезли в отдел Разведки ВВС в аль-Меззе, в Дамаске, а позже, в феврале 2013 года, перевели в неизвестное место.

Власти Сирии отрицают его арест и содержание под стражей, а государственное новостное агентство «САНА» заявило, что он был похищен членами «террористической группировки». Некоторые другие члены НКОД также находятся под стражей или подверглись насильственному исчезновению.